Contribution externe de Florian Licht, étudiant de troisième cycle en biologie. Une version plus longue de cet article a été publiée pour la première fois le 24 mars sur sozialismus.info (site de la section allemande d’Alternative Socialiste Internationale).
Des pays comme la Corée du Sud et Singapour ont donné l’exemple en luttant avec succès contre le Covid-19 grâce à une stratégie de dépistage de masse. Les virologistes et les épidémiologistes plaident depuis longtemps en faveur d’une augmentation considérable des tests, et l’OMS a réitéré ce message en publiant un document stratégique recommandant clairement à tous les pays d’augmenter les tests. Avec un total de 100.000 tests effectués dans 47 laboratoires à travers le pays (16 – 20 mars), l’Allemagne effectue plus de tests que beaucoup d’autres pays. Néanmoins, ce n’est pas suffisant ; la Corée du Sud a effectué trois fois plus de tests par million de personnes que l’Allemagne (voir graphique ci-dessous).
Pour protéger les travailleurs de la santé et les autres travailleurs fortement exposés au virus, ainsi que les personnes vulnérables et les personnes souffrant de pathologies sous-jacentes, il est nécessaire de tester des millions de personnes chaque jour. Dans ce qui suit, j’examinerai les possibilités à court terme d’accroître les capacités de dépistage en Allemagne.
Comment fonctionne le test du coronavirus ?
Il existe plusieurs méthodes de test différentes pour détecter le SRAS-CoV-2, et les scientifiques travaillent avec acharnement pour développer de nouvelles méthodes encore plus rapides et plus pratiques. La méthode la plus courante et la plus précise à l’heure actuelle est le test dit quantitatif de réaction en chaîne de la polymérase (qPCR). En termes simples, il tente de détecter le matériel génétique du virus dans l’échantillon. Pour ce faire, l’échantillon est mélangé à certains réactifs et placé dans un appareil appelé qPCR. En principe, la machine qPCR est simplement un dispositif qui chauffe et refroidit les échantillons à des températures spécifiques en plusieurs cycles. Dans ce processus, le matériel génétique du CoV-2 du SRAS est multiplié (à condition que l’échantillon provienne d’une personne infectée). En outre, la machine peut mesurer la vitesse à laquelle cette amplification a lieu, ce qui permet de quantifier la quantité initiale de virus dans l’échantillon. Cette méthode permet d’obtenir des résultats en quelques heures.
Des millions de tests sont possibles
Les éléments les plus importants pour effectuer un test qPCR sont les écouvillons pour l’échantillonnage, les tubes à essai pour le stockage et le transport des écouvillons, les réactifs et les appareils qPCR. En outre, il faut du personnel formé et des laboratoires adaptés pour travailler avec le dangereux virus SRAS-CoV-2.
Les machines qPCR, les réactifs nécessaires et les scientifiques formés sont disponibles non seulement dans les 47 instituts qui effectuent actuellement les tests, mais aussi dans pratiquement toutes les universités où se déroule la recherche dans le domaine de la biologie. Il existe probablement au moins un appareil qPCR dans le département de microbiologie, mais aussi dans les instituts de botanique, de génétique, de biotechnologie ou d’écologie. La méthode qPCR est utilisée quotidiennement. Tous les étudiants en biologie titulaires d’une licence la connaissent, sans parler des nombreux doctorants et assistants de recherche.
En outre, il existe en Allemagne de nombreuses entreprises dans le domaine de la biotechnologie et des sciences de la vie qui possèdent des machines qPCR. Dans le domaine de la recherche biologique, la machine qPCR fait partie de l’inventaire standard de presque tous les laboratoires. Il existe des centaines de machines qPCR en Allemagne qui ne sont pas utilisées actuellement pour les tests de dépistage du SRAS-CoV-2.
L’exemple suivant illustre l’étendue des capacités de test qui pourraient être mobilisées : à la demande du gouvernement britannique, l’université de Nottingham – qui n’a généralement pas réagi rapidement à la crise actuelle – a pu fournir 16 machines qPCR hors de son stock en 24 heures. En outre, des kits et des réactifs d’une valeur de plusieurs millions de livres ont été remis et plus de 600 étudiants se sont portés volontaires pour aider l’hôpital local et les installations de recherche. Si ces 16 machines fonctionnent en continu, 30 à 40 séries de 35 échantillons chacune peuvent être réalisées par jour. Cela fait 20.000 tests par jour. En utilisant uniquement les machines de l’université de Nottingham, il est donc possible de réaliser autant de tests par semaine que ceux effectués dans toute l’Allemagne pendant la semaine du 16 au 20 mars, soit 100.000. Comme nous l’avons déjà mentionné, il n’y a pas seulement 16 mais environ des centaines de telles machines disponibles en Allemagne.
Les réactifs nécessaires sont actuellement très demandés et leur production doit être augmentée. La majorité des réactifs sont fabriqués par quelques sociétés, par exemple Roche, Qiagen ou ThermoFisher Scientific. Il est probable que ces entreprises ont déjà commencé à augmenter leur production, mais cela ne suffit pas. Ces réactifs et les matériaux connexes sont vendus à des prix élevés. La plupart des laboratoires ont un budget serré et essaient donc de produire leurs propres réactifs maisons. Il serait donc nécessaire de divulguer immédiatement toutes les formulations, protocoles et brevets pertinents pour la lutte contre le SRAS-CoV-2, afin que tout ce qui est nécessaire puisse être reproduit dans le monde entier.
Pour prélever des échantillons, il suffit de disposer d’objets relativement simples ; ceux-ci ne doivent pas constituer le facteur limitant. A titre de comparaison : En Allemagne, plus de 300 millions de bouteilles en plastique jetables sont utilisées chaque semaine. Il est difficile d’imaginer que dans une société fortement industrialisée, il n’y aurait pas de capacités pour la production à court terme de plusieurs millions de cotons-tiges et de tubes en plastique.
Il n’existe pas de chiffres précis sur la quantité de réactifs et le nombre de machines qPCR. Mais même une estimation prudente montre qu’en Allemagne, il doit être techniquement possible d’effectuer plusieurs millions de tests par semaine.
Utiliser toutes les possibilités
De nombreux scientifiques et instituts de recherche comprennent que chaque jour compte et ont offert leurs compétences et leur équipement pour la lutte contre le SRAS-CoV-2. Des experts de tous les pays se portent volontaires et travaillent en réseau les uns avec les autres. Dans le monde entier, les scientifiques publient de nouvelles méthodes pour lutter contre le virus, comme un « test d’anticorps » spécifique. À la question de savoir à quelle vitesse ce test peut être appliqué à grande échelle, l’auteur d’une nouvelle étude a répondu sur Twitter : « Cela dépend de la rapidité avec laquelle les gens agissent au niveau local. N’attendez pas les gouvernements. Installez-le dans votre hôpital ! ».
Bien que le gouvernement affirme que tout est fait pour lutter contre le virus, il n’a pas réussi à mettre les capacités potentiellement disponibles pour les tests corona de masse au service de la lutte contre le virus. Cela aurait dû se produire il y a plusieurs semaines. Cependant, l’extension des capacités de test comprend également l’organisation de la logistique pour l’échantillonnage et la distribution. L’évaluation des résultats doit être coordonnée au niveau central. Dans le même temps, il faut s’assurer que les tests peuvent être effectués avec une grande qualité et dans le respect des normes de sécurité biologique.
Le fait de savoir quelles sont les capacités d’essai disponibles en principe augmentera, espérons-le, la pression exercée sur les gouvernements pour obtenir l’utilisation de millions d’essais.
Note :
Cet article a été publié le 24 mars 2020. Le 27 mars, le gouvernement allemand a annoncé un plan visant à augmenter les capacités d’essais, grâce auquel il sera possible d’effectuer 200.000 essais par jour à la fin du mois d’avril. En pleine panpidémie, ce plan n’est pas assez ambitieux, tant en termes de nombre que de calendrier. Comme le souligne cet article, en mobilisant toutes les capacités, il est possible de réaliser plusieurs millions de tests par semaine. Cela ne vaut pas seulement pour l’Allemagne, mais aussi pour d’autres pays du monde entier.
